Şehzadeler Türbesi’nin, 1580’li yılların başında Mimar Sinan tarafından Sultan III. Murad’ın annesi Nurbanu Valide Sultan için inşa edildiği kaynaklarda belirtilmektedir. Ancak dönemde yaşanan veba salgınında hayatını kaybeden genç şehzadelerin buraya defnedilmesi üzerine, Valide Sultan’ın eşi Sultan II. Selim’in türbesine gömüldüğü aktarılır. Sultan III. Murad Türbesi’ne bitişik olarak konumlanan bu yapı, dıştan sekizgen, içten dörtgen planlı ve kubbeli bir türbedir. Zemini altıgen tuğlalarla döşenmiş, duvarları ise kesme küfeki taşından yapılmış olup genel olarak sade bir mimari üsluba sahiptir.

 Türbenin ahşap giriş kapısı, geçme tekniğiyle yapılmış olup geometrik desenli çıtalarla süslenmiştir. İç mekânda çini ya da hat örnekleri yer almaz; ancak duvarlar, 19. yüzyılda yapılmış siyah-beyaz renklerdeki kalem işi süslemelerle – bitki motifleri, çiçek sepetleri, kurdeleler ve kumaş kıvrımları gibi ögelerle – bezenmiştir.

 2006 yılında gerçekleştirilen restorasyon sırasında, pencere kemerlerinin alınlıklarında orijinal rumi desenli malakari süslemeler açığa çıkarılmış; ayrıca sandukaların üzerinde 16. yüzyıla tarihlenen puşideler, şehzade kaftanları ve Kabe örtüsüne ait parçalar bulunmuştur. Türbede Sultan III. Murad’ın dört şehzadesi ile bir kızı olmak üzere toplam beş sanduka yer almaktadır.