Kocamustafapaşa’da Duhâniye Sokağı’nda bulunan Duhâniye Mescidi’nin banisi, Yavuz Sultan Selim’in Mısır seferinde bulunan ve oradaki vakıfları tespit edip tahririni yapan Duhânîzâde Mustafa Efendi’dir. Mescid, Mimar Sinan eseri olarak Tezkiret’ül Bünyan’da “Duhânizade Mescidi” adıyla kayıtlıdır.

Dikdörtgen planlı yapı, dört kâgir duvar ve kiremit örtülü ahşap çatıyla inşa edilmiştir. Son cemaat yeri 1894-1896 arasında yıkılıp yerine camlı, saçaklı bir pabuçluk yapılmıştır. İbadet sahnesine giriş kapısının iki yanında maksûreler bulunur. Sol taraftaki merdivenle ise kadınlar mahfiline çıkılır. Mescid bir avlu içinde yer alır; sağda müezzin, mihrab tarafında ise imam mahfili vardır. Avlunun solunda, üç musluklu ve ahşap saçakla örtülü bir taş abdest teknesi yer alır; üzerinde 1912-1913 tarihli bir kitabe bulunmaktadır.